Nietzsches verhouding tot Socrates vormt de kern van zijn wetenschapskritiek. Deze verhouding wordt bepaald door de ironie waarmee deze oertheoreticus kennis van de waarheid tot hoogste waarde maakte – ondanks zijn erkenning van de onmogelijkheid ervan. In het alledaagse taalgebruik is ironie een stijlfiguur die duidelijk maakt dat wat gezegd wordt niet in alle opzichten serieus hoeft te worden opgevat; vaak zegt men juist het tegendeel van wat men eigenlijk te verstaan wil geven [2]. Dit 'oneigenlijke' karakter van ironisch taalgebruik maakt interpretatie op basis van de rationaliteit van taalgebruikers (het 'Cratylus-standpunt' uit de proloog) problematisch; om de eigenlijke bedoeling te ontdekken, moet de interpretator als het ware een puzzeltje oplossen. Dit probleem doet zich bij Socrates niet voor. Zijn woorden hoeven niet met zijn bedoeling vergeleken te worden; in de oudheid had ironie een andere invulling [3]. Ironie kwam erop neer dat iemand zich als minder voordeed dan hij in feite was. Socrates was ironisch in de zin dat hij als leraar geen antwoorden gaf, maar vragen stelde alsof hij een leerling was. Zo'n manier om zich te onttrekken aan taken die men aan zichzelf zou kunnen stellen, werd in beginsel niet op prijs gesteld. Pas door de platoonse en stoïcijnse eerbied voor Socrates kreeg ironie via de retorische traditie de moderne invulling. Dit gebeurde onder andere in reactie op Kants neiging om het streven naar waarheid tot plicht te maken. Tijdens de romantiek probeerden met name literaire auteurs die tot Nietzsches filologische voorgangers behoorden, de strakheid van een op waarheid gebaseerde moraal te verzachten door middel van ironie [4]. De waarheid werd dermate ondraaglijk geacht dat er behoefte ontstond aan leugens.
   Ook Nietzsche erkent het belang van leugens, maar bij hem leidt dat niet tot waardering voor ironie [5]. Ironie is in zijn ogen een manier om zich [p. 111:] staande te houden wanneer men niet tot iets werkelijk groots in staat is, of met andere woorden: wanneer men niet tegen de ironie van de geschiedenis op kan. Wetenschap moet er juist toe bijdragen om dat wel te kunnen.

Ironische wetenschap is de vorm van wetenschap van socratische culturen. Als historisch prototype van een socratische cultuur voert Nietzsche het wereldrijk van Alexander de Grote op. Socrates had, met enkele generaties ertussen, enorme invloed op Alexander. De roem van Socrates werd vooral verbreid door diens leerling Plato, en Plato was de leermeester van Aristoteles, die Alexander opvoedde. Alexander verbreidde door veroveringstochten het erfgoed van de Helleense oudheid over de wereld. In Nietzsches ogen ging hiermee het oorspronkelijke hellenisme verloren; het werd grof en ondoorleefd. De oude godenwereld werd hooguit nog karikaturaal nagebootst. Heel De geboorte van de tragedie is erop gericht te laten zien dat de alleenheerschappij van de logica die Socrates voorstond, en de latere alleenheerschappij van Alexander, tot een aantasting van de oude cultuur leidde.
   De oude Helleense cultuur liet geen alleenheerschappij toe, maar was steeds gebaseerd geweest op een mythische strijd tussen twee verschillende beginselen. In een van de 'vijf voorwoorden tot vijf ongeschreven boeken' die Nietzsche in het jaar waarin de Geboorte van de tragedie verscheen, als kerstcadeau aan Cosima Wagner gaf [1], gaat hij uitdrukkelijk op dit strijdbegrip in. Vanuit een modern levensideaal valt niet goed te begrijpen en al helemaal niet te waarderen dat de oude Grieken zoveel plezier hadden in de voortdurende strijd die Homerus in de Ilias voorspiegelt. Steeds opnieuw worden gruweldaden breed uitgemeten. Nietzsche wijst erop hoe Alexander de Grote de voeten van een tegenstander liet doorboren en diens lichaam levend aan z'n wagen bond om het onder hoon van z'n soldaten rond te slepen. Hij beschouwt Alexander op dit punt als karikatuur van Achilles, die volgens Homerus' Ilias het lijk van Hector op een vergelijkbare manier mishandelde. Ook dat is te gruwelijk om moderne lezers plezier te bezorgen, maar de mythologische strijd [p. 112:] droeg er in tegenstelling tot de oorlogen van Alexander tenminste nog toe bij om te voorkomen dat er groter onheil werd aangericht.
   Als er geen strijd meer is, in de zin dat er maar één machthebber overblijft, dan heeft die niets meer dat waarden kan bieden om zich naar te richten. Zonder mythische strijd breekt de tirannie los. En dat is wat er volgens Nietzsche onder Alexander gebeurde. Zijn verbreiding van een hellenisme dat niet meer is dan een wereldwijde herhaling van ontmythologiseerde grote voorbeelden, was zozeer het tegendeel van een verbreiding van de Helleense cultuur dat Nietzsche zich zelfs afvraagt óf cultuur wel over te dragen valt. Alexander verbrak juist de eenheid van de cultuur, zodat er een versplintering met vergaande gevolgen optrad [1]. De westerse geschiedenis komt er in Nietzsches visie kortweg op neer dat de verzwakte Griekse cultuur door de Romeinen werd toegeëigend en onder hun invloed nóg groffer en minder doorleefd werd, om vervolgens door het christendom als bondgenoot aanvaard en met geweld verbreid te worden [2]. In deze lijn moet ook het Romeins-Roomse Frankrijk het ontgelden; de Alexandrijnse tirannie reikt tot in de moderne tijd.
   De Alexandrijnse en de moderne cultuur zijn beide 'monumentale' culturen, die uitgaan van het romantische idee dat nabootsing van de 'groten' in de geschiedenis op zichzelf de moeite waard is. Twee jaar na De geboorte van de tragedie stelt Nietzsche in Over nut en nadeel van de geschiedenis voor het leven dat monumentale geschiedschrijving een protest inhoudt tegen de vergankelijkheid van wat mooi gevonden wordt. Door grote voorbeelden tot eeuwig monument te verheffen, keert ze zich tegen de verschillen die door het verloop van tijd ontstaan. Het verleden wordt als herhaalbaar voorgesteld, waarmee het eigene en unieke van historische gebeurtenissen verdonkeremaand wordt. De bewondering voor het grote is dus verkapte weerstand tegen het eenmalige karakter ervan.
   Omdat monumentale culturen zelf niet in staat zijn tot iets groots, zoeken ze compensatie voor de verloren mythische kracht in waardigheden van elders. Vandaar de enorme behoefte aan geschiedenis, het om zich heen verzamelen van andere culturen, en de verterende en niet te bevredigen drang tot kennis [3]. Dit ongerichte en ondoorleefde om-zich-heen-grijpen versnelt de ondergang van de mythologische eenheid die de voorlopers van deze culturen hun aureool van eeuwigheid gaf. Het biedt geen alternatief voor de kinderlijke vanzelfsprekendheid van traditionele waarden. Wat daarom tot op de dag van vandaag nodig is, is volgens [p. 113:] Nietzsche een reeks tegen-Alexanders die in staat zijn om dat wat uiteengevallen is, weer samen te binden [1].

Socrates krijgt van Nietzsche niet de heldenrol die hij via Plato kreeg. Maar het historische succes van Socrates intrigeert hem mateloos. Voortdurend geeft hij lucht aan zijn gevoel dat Socrates' beroep op logische kennis een kunstgreep was die ingegeven werd door zwakte, en die zo goed slaagde dat ze belette om iets aan het ten grondslag liggende probleem te doen. In dat opzicht komen de lotgevallen van Socrates overeen met zijn eigen filologische succesgeschiedenis. Socrates had geen andere keus dan zijn logische fanatisme, zo goed als Nietzsche geen andere keus had dan zijn filologische resignatie; maar dat maakt het volgens De geboorte van de tragedie nodig om meer ruimte te veroveren. Parallel aan zijn hoop op tegen-Alexanders, zal hij er bijna levenslang mee bezig zijn een tegen-Socrates vorm te geven. Uit zijn werk blijkt dat hij niets te veel zegt als hij bekent dat Socrates hem zo na staat dat hij bijna altijd met hem worstelt [2].
   Herhaaldelijk spitst deze worsteling zich toe op de dood waarmee Socrates zich onsterfelijk wist te maken. Zijn overtuiging dat het leven op grond van kennis gerechtvaardigd was, verhief hem boven de doodsangst. De logische basis van deze kennis moest daartoe als onbetwijfelbaar worden voorgesteld [3]. Dat de logica zelfs boven z'n instincten ging, belette hem om een halve oplossing van het conflict met de Atheense machthebbers te aanvaarden. In beginsel had de onenigheid alleen tot verbanning hoeven leiden. Het bestaan van raadselachtige, niet te begrijpen mensen hoefde geen probleem te zijn, zolang ze maar buiten de grenzen bleven. Maar Socrates had het nodig om zijn tirannieke hoop op de logica tegenover iedereen, met inbegrip van zijn rechters, te handhaven. Zijn grootste kracht was daardoor de kracht te sterven. Niet de Atheners namen een verkeerd besluit met het uitspreken van de doodstraf, zoals de gebruikelijke voorstelling van zaken luidt, maar Socrates zelf dwong de doodstraf af omdat hij het leven niet aankon [4]. Nietzsche ziet in dit onvermogen om anders dan logisch te leven geen kracht maar een zwakheid. Socrates' absurde verstandigheid kan alleen een laatste uitweg zijn geweest. Als het rechtvaardigen van z'n eigen dood de beste oplossing was, dan moet het er verder wel uitzichtloos hebben voorgestaan. [p. 114:]
   Het is vooral zijn gebrek aan levenswil dat Socrates voor Nietzsche tot symptoom van de ondergang van de Helleense cultuur maakt (een ondergang die enkele eeuwen later bekrachtigd werd door Jezus' gebrek aan levenswil). Een van de belangrijkste voorwaarden voor de populariteit van Socrates was het feit dat heel het oude Athene haar einde naderde. De geldigheid van oude waarden was ondergraven, en niemand stond meer sterk. Onder Alexander de Grote en de Romeinen werd dat alleen maar erger. Het rijk werd zo uitgestrekt, en er werkten zoveel vreemde invloeden op in, dat de instincten geen enkel houvast meer boden. Niemand wist meer hoe de tirannie van de driften – en dus zichzelf – de baas te blijven. Het enige redmiddel was een nieuwe tirannie: de tirannie van het verstand.
   Socrates' onwankelbare geloof dat kennis van de naakte waarheid mogelijk en wenselijk is, maakte kennis tot redmiddel tegen het door schijn-kennis veroorzaakte aardse lijden. Zich vergissen werd het grootste kwaad. Kennis zou een mooi bezit zijn in plaats van iets onaangenaams en verwarrends. Dat de werkelijkheid door denken te verklaren en te rechtvaardigen zou zijn, is echter een waandenkbeeld. Het streven de instincten de baas te worden met behulp van de rede, maakt ze niet onschadelijk. Het geloof dat kennis gelukkig maakt, maakt pijnlijke waarheden onzichtbaar, maar sluit ze niet uit. Ook het denken voert steeds tot grenzen waarop de gevolgen van het hardnekkige doorvragen pijnlijk worden. Op dat punt vormt het streven naar kennis zelf een bedreiging voor de levenslust. Ook Socrates deinsde terug voor de uiterste consequenties van het denken. Met zijn ironie probeerde hij koste wat kost te voorkomen dat zijn ondervragingsmethode op hemzelf werd toegepast. De instinctieve oordelen in dienst waarvan hij zijn goede gronden aanvoerde, vielen uiteindelijk niet vanuit zijn logica te begrijpen [1]. Hij erkende zijn onwetendheid uit angst om zich belachelijk te maken. Zo bezien vormt ironische wetenschap een 'uitvlucht voor pessimisme', en een 'scherpzinnig noodweer tegen ... de waarheid' [2].
   Dat Socrates er niet in slaagde om levensvatbare gevolgen aan zijn rigide opstelling te verbinden, viel volgens Nietzsche binnen zijn 'monumentale' logische wereld niet te voorkomen. Hij wilde op een heldhaftige manier geluk bereiken zonder de pijn te hoeven voelen die voor heldendom nodig is. Zelfs bij zijn dood wist Socrates de pijn nog weg te rationaliseren. Om zelf een 'monument' te zijn, moet men echter juist in staat en bereid zijn het nodige leed te doorstaan. [p. 115:]

Socrates noodgreep naar het verstand legde de basis voor een ongebreideld optimisme over de mogelijkheden van kennis, dat doorwerkt in de moderne wetenschap. Maar door de tegenspraken waartoe het geloof in kennis leidt, maakt de socratische geleerde een nogal slappe indruk. Zijn inzicht in de waarheid leidt – consequent doorgevoerd – tot het inzicht dat je als mens gedoemd bent in onwaarheid te leven. De overal ervaren leugenachtigheid leidt tot vertwijfeling, maar het ironische gebrek aan levensmoed leidt ertoe dat de knagende twijfel zo snel mogelijk verhuld wordt. De begeerten gaan door zwaarmoedigheid, oververzadiging en uitputting verloren, en worden op minder bedreigende waarheden gericht. Dat maakt de wetenschappelijke waarheid tot iets pretentieloos, 'iets aangenaams en gemoedelijks dat alle bestaande machten keer op keer verzekert dat niemand ook maar enige last van haar hoeft te hebben; tenslotte gaat het maar om "zuivere wetenschap"' [1].
   Dat ironische wetenschappers er ondanks deze slapte in geslaagd zijn zich tegenover sterkere menstypes te handhaven, vindt z'n verklaring in de langdurige culturele malaise die met Socrates intrad. Gemeten naar de hevigheid waarmee Nietzsche zich vaak tegen deze geleerden afzet, heeft hij veel begrip voor de listen waarmee ze hun ondergang rekken. Ze móeten hun zwakte wel als kracht voorstellen zolang de mogelijkheden ontbreken om voortvarender in het leven te staan. Maar sinds Kant en Schopenhauer brengt het wetenschappelijke doorvragen de socratische cultuur aan het wankelen. Ze doorziet haar eigen aannames en verliest het kinderlijke vertrouwen in de eeuwige geldigheid van haar fundament.

Kenmerkend voor de 'breuk' waarover iedereen als over het oerleed van de moderne cultuur praat, is immers dat de theoretische mens terugdeinst voor de gevolgen van die breuk en, hoe onbevredigd ook, het niet meer aandurft zich aan de ijzingwekkende stroom van het bestaan toe te vertrouwen: angstig loopt hij langs de oever heen en weer. Hij wil niets meer in z'n geheel hebben, omdat daartoe ook alle natuurlijke wreedheid van de dingen behoort. Zo heeft de optimistische kijk hem vertroeteld. Bovendien voelt hij dat een cultuur die op een wetenschappelijk fundament gebouwd is, te gronde moet gaan wanneer ze onlogisch begint te worden, d.w.z. voor haar consequenties begint terug te deinzen. [2]

Het probleem van ironische wetenschap is dus niet de leugenachtigheid van de aanspraak over een toegangsweg tot de waarheid te beschikken. Zo'n leugen kan eenvoudigweg nodig zijn om het leven aan te kunnen. Het probleem zit hem in het liegen over de leugen: in de tirannieke pretentie dat de ironische waarheden die alle hoopvolle mythen, grote culturele doelen en redenen om te leven onderuit halen, minder leugenachtig zouden zijn dan andere. Het gaat Nietzsche om een erkenning van de leugen als leugen. Pas vandaaruit kan er ruimte ontstaan om ánders te liegen.