Doordat het menselijke subject nooit aan de subjectvorm kan ontkomen, ligt ook de ruimte voor theorievorming op een bepaald historisch moment binnen het interdiscours vast. Ook de wetenschap spreekt individuen tot subjecten aan en voorziet mensen van de vanzelfsprekende "neutrale" betekenissen waarmee ze zich identificeren. Een "echte" wetenschap moet zich volgens Pêcheux rekenschap geven van haar eigen ontstaan uit verschillende vormen van identificatie en tegenidentificatie met discursieve formaties [17]. Alleen op die manier is verzet mogelijk tegen de ondersteuning van de "heersende" burgerlijke ideologie, die spontaan optreedt door wetenschappen die hun identificatie als vanzelfsprekend aanvaarden, zoals de traditionele taalfilosofie en semantiek.
   Pêcheux stelt dus, dat behalve de traditie waartegen hij zich verzet, ook zijn eigen discourstheorie tot stand komt doordat (als werking van het discours) bepaalde ideologische uitspraken worden gedaan alsof het wetenschappelijke uitspraken zijn. Hij erkent dus zijn eigen identificatie als iets wat niet vanzelfsprekend is – tegen de dwingende werking van het interdiscours in. Voor deze erkenning is binnen de subjectvorm eigenlijk geen plaats. Ze kan hooguit worden opgenomen in een [p. 76:] theorie die zich niet identificeert met het interdiscours. Dit kan geen theorie van "altijd al aangesproken" subjecten zijn. Verzet zonder identificatie kan hooguit plaatsvinden in een proces zonder subject. "Echte" ("materialistische") wetenschap moet dus compromisloos vasthouden aan het idee van wetenschap als een proces zonder subject (p. 50-1, 133-42). Maar omdat ieder discours het discours van een subject of van subjecten is, houdt deze opvatting in, dat er geen "discours van de (echte) wetenschap" is. Wetenschap houdt een voortdurende breuk in, een zich steeds opnieuw afscheiden van ideologieën, zonder er ooit helemaal van los te komen. Daarbij was Frege in zijn tijd een "materialistische" wetenschapper in zoverre hij brak met al te strakke verwijzingstheorieën.
   Maar op dit moment moeten we aanzienlijk verder gaan. Doordat Pêcheux zich los probeert te maken van zijn identificatie, zit hij met een probleem dat de gevestigde wetenschap steeds ontloopt, namelijk dat wetenschap niet zonder een (niet-subjectivistische) theorie van de subjectiviteit kan (p. 90). Om te ontsnappen aan de eenheid van het subject die door de identificatie tot stand komt, moet je volgens hem uitgaan van de uitzonderingen, en van de doorkruisingen van de gevestigde eenheid door ongelijkwaardigheden en tegenspraken. Je moet je dus voortdurend rekenschap geven van de stand van zaken en van de problematiek van de gevestigde wetenschap. Pêcheux' "materialistische" wetenschap is in dit opzicht niet symmetrisch met de traditionele "idealistische" wetenschap, omdat die juist probeert te abstraheren van aantastingen van haar "neutraliteit" vanuit het "materialisme". Ten opzichte van die wetenschappen is de waarde van "echte" wetenschap niet relatief (p. 199-200). Maar om de waarde van materialistische wetenschap als uitgangspunt voor verzet te onderbouwen, verstrikt Pêcheux zich in zijn eigen Münchausen-paradox. De unieke betekenis die hij aan zijn inzicht toekent, berust uiteindelijk op het feit dat dit inzicht laat zien, dat (unieke) betekenissen nooit positief gegeven zijn – en dus ook de betekenis van "wetenschap" of van "verzet" niet.